韩敬东 教授

中科院上海计算生物学研究所

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研究方向:

1.研究生物网络的结构，动态及其功能。遗传基因的网络由网点 (node) 和连接网点的网线(edge)组成。网点包括蛋白质, 基因调节的元素和基因转录产物；而网线是指实际的或遗传基因的相互作用。经过复杂的相互作用和逻辑操作，这些网络动态地形成复杂的、合乎逻辑的线路, 进一步形成整体结构，从而执行细胞的各种功能。
2.利用functional genomics的数据，寻找疾病有关的基因及进一步研究其病理作用。最近已经产生了大量模型生物的 proteomics 和整体生物学数据，例如，酵母菌、线虫、果蝇的interactome、phenome、transcriptome，而且这些数据还在不断地向深度与广度方面延伸。同时，新类型的 proteomic 整体实验也不断加入，如promoterome、亚细胞定位、组织定位等。另一方面，这些方法已经开始应用于人类。对如何整合和挖掘这些大量原始数据提出了迫切要求。
3.探求遗传基因网络中内在的安全稳定机制。生物对单个遗传基因的干扰（perturbations）相当不敏感, 在大多数的情况下单一基因丢失并不造成生物的死亡。遗传基因通路的结构在基因敲除(knock-out)的情况下可能与正常状态下是不同的, 这意味着网络有可塑性(plasticity)。　　该研究组将利用data mining 的工具及网络理论建立计算模型与提出工作假设，而后用整体生物学的手段证实与改进模型和假设。

近期发表论文:

1.Polak P, Stamatoyannopoulos JA, Sunyaev SR. et al. (2015)Cell-of-origin chromatin organization shapes the mutational landscape of cancer. Nature. Feb 19;518(7539):360-4.

2.Roadmap Epigenomics Consortium, Stamatoyannopoulos JA, et al. (2015)Integrative analysis of 111 reference human epigenomes. Nature. Feb 19;518 (7539):317-30.

3.Pope BD, Stamatoyannopoulos JA, et al. (2014)Topologically associating domains are stable units of replication-timing regulation. Nature. Nov 20;515(7527):402-5. 

4.Stergachis AB, Stamatoyannopoulos JA. et al. (2014)Conservation of trans-acting circuitry during mammalian regulatory evolution. Nature. Nov 20;515 (7527):365-70.

5.Chaisson MJ, Stamatoyannopoulos JA, et al. (2015)Resolving the complexity of the human genome using single-molecule sequencing. Nature. Jan 29;517(7536):608-11.